對于一家企業來說，合理的組織架構能夠保持企業的穩定高效的運作，企業內各項事務的有序進行都離不開組織結構的管理范疇，它能夠有效的劃定職責范圍，讓每個崗位的員工都能夠在自己的職責內有序工作。人力資源管理系統能夠幫助企業進行科學合理的組織架構建立和管理，同時能夠適應企業各種變化環境。

組織架構管理也是人力資源管理的核心之一，人力資源管理系統幫助企業建立完善的組織架構，系統內預設了企業常用的組織架構方案模型，便于企業直接選用，另外還支持多種組織結構設計，可以靈活的設置各級組織機構及其上下級關系。另外，系統會記錄每次組織結構的調整信息，會形成記錄進行保持，方便以后進行回溯跟蹤，還能夠通過組織架構管理對部門、職位、職務等信息進行維護，構成企業HR業務流程基礎。

1、靈活的組織結構設計

人力資源管理系統可以建立完整的組織架構，系統同時內置了多種主流的企業組織架構模型，HR可以直接進行選用，另外支持多種組織結構設計，自動形成上下級關系，可以實現總部對分公司機構的管理和其他組織機構變化的管理。

2、虛擬組織管理

人力資源管理系統還能夠根據企業的項目要求進行臨時或虛擬組織結構的設立和管理。在許多企業都有這樣的情況，從各部門抽調人員成立某項目的工作小組，其職能主要圍繞該項目的發展。虛擬組織擁有一切組織結構的功能，還可以轉變為正式組織，來進一步滿足企業組織架構管理的靈活性。

3、自定義組織屬性

人力資源管理系統可以自定義組織類型屬性，比如總部、子公司、部門、科室、小組等，并且可以對相關屬性進行設置，比如類別、描述、能力虛修等等信息，還可以從不同角度、時間范圍來設定組織屬性。

4、人力資源數據分析

人力資源管理系統可以根據組織架構進行人力資源數據分析，形成人力資源成本和績效數據分析，了解各個組織部門的人力成本和績效數據情況，來綜合對各組織部門進行人力資源的調整和優化，以求達到最佳的成本投入和產出效果。